Muchos de los pobladores originales de Nueva York, Nueva Jersey, Pensilvania y Delaware eran inmigrantes de naciones europeas donde habían sido perseguidos por sus creencias religiosas. Entre ellos había grupos de cuáqueros, luteranos, anglicanos, bautistas y menonitas holandeses, cada uno con sus propias prácticas y creencias. Según el Centro Nacional de Humanidades, este pluralismo religioso jugó un papel en la creación de la cultura diversa y religiosamente tolerante de las colonias medias.
USHistory.org describe cómo la presencia de tantos grupos religiosos diferentes en un área hizo casi imposible el dominio de una fe en las colonias medias. Los diversos grupos se toleraron en gran medida entre sí, ya que cada uno experimentó un riesgo igual de persecución. Durante los primeros días de la América colonial, las colonias medias servían de amortiguador entre las colonias más al norte, donde el puritanismo inglés era la religión dominante, y las colonias del sur, donde el anglicanismo era más común. Debido a que las colonias medias eran más tolerantes con respecto a la disidencia religiosa, aquellos que temían ser perseguidos hacia el norte o el sur podrían trasladarse a estas colonias y experimentar una mayor aceptación.
Incluso dentro de las ciudades individuales en las colonias medias, había una gran diversidad religiosa. El Centro Nacional de Humanidades, por ejemplo, muestra una imagen del perfil de la ciudad de Nueva York dibujada en 1771. En el mapa hay 18 diferentes lugares de culto. Las religiones representadas solo por esta imagen eran holandeses reformados, anglicanos, presbiterianos, luteranos, hugonotes franceses, congregacionales, metodistas, bautistas, cuáqueros, moravos y judíos.
