La causa más común del agua de pozo marrón es la contaminación por hierro. Un cambio repentino en el color del agua significa que el contaminante se ha introducido nuevamente en el pozo y puede ser causado por contaminación industrial, tuberías oxidadas. Accesorios o hierro natural que se filtra desde el suelo.
El tratamiento químico y la filtración de sedimentos se utilizan para eliminar el hierro del agua del pozo. Después de que se haya retirado el hierro, el agua requiere un tratamiento químico adicional para matar cualquier bacteria que consume hierro que pueda haber formado una biopelícula en el agua del pozo. Si el hierro permanece en el agua del pozo, las bacterias pueden regresar y causar problemas que se repitan.