La pérdida de hábitat en los Grandes Lagos se atribuye a las especies invasoras, la contaminación, el desarrollo de las costas, el paso de barcos, la desaparición de especies nativas y la extracción de agua de las cuencas de los Grandes Lagos. Una pequeña parte de la pérdida de hábitat en los Grandes Lagos proviene de fenómenos naturales, incluidos desastres naturales como inundaciones y sequías. Sin embargo, la mayoría de los cambios en este frágil ecosistema provienen de la actividad humana.
En los Grandes Lagos, junto con otros ecosistemas, la introducción de especies no nativas representa una amenaza significativa. Las especies invasoras son organismos tales como plantas, bacterias y animales que se transportan a hábitats desde otros lugares. Al introducirse, estas especies pueden superar a los organismos nativos por recursos escasos como alimentos, agua y refugio. Las especies invasoras también pueden matar a las especies nativas por depredación directa o, en el caso de bacterias y virus, por enfermedad y enfermedad.
La contaminación es otro factor en la pérdida de biodiversidad en la región de los Grandes Lagos. La contaminación se presenta en dos formas principales: fuente puntual y fuente no puntual. La contaminación de fuentes no puntuales ocurre cuando el agua de la nieve derretida y la lluvia transporta los contaminantes a las vías fluviales y a los suministros de agua subterránea. La contaminación de fuentes puntuales proviene de fuentes directas como fábricas y plantas de combustible que queman carbón. Por último, el paso frecuente de barcos y embarcaciones motorizadas a través de los Grandes Lagos contribuye con cantidades significativas de sustancias químicas tóxicas y contaminantes a las aguas y el aire circundantes.
