Los cerezos en flor son susceptibles a una serie de enfermedades causadas por hongos, incluida la podredumbre parda (también llamada tizón de la flor), nudo negro y muerte de Eutypa. Una vez que un árbol se infecta con un hongo, no hay cura. Las extremidades dañadas deben retirarse y eliminarse con cuidado lejos del jardín. Estas enfermedades fúngicas comunes pueden dañar gravemente o matar a un cerezo en flor.
La podredumbre marrón infecta las flores del cerezo justo cuando comienzan a desvanecerse en la primavera. Aparece primero como pequeños puntos negros en las flores y se extiende a las extremidades, moviéndose hacia abajo de las extremidades al tronco. Las extremidades infectadas con podredumbre marrón deben podarse al menos a 8 pulgadas de la infección. El nudo negro también se propaga en la primavera. Pasa el invierno dentro de nudos en los árboles hasta que el calor y la humedad de la primavera liberan y dispersan las esporas. Primero aparece en los árboles como nudos de corcho que lentamente se vuelven verdes, luego negros. La infección del nudo negro interfiere con el sistema circulatorio de un árbol, causando que las extremidades se marchiten y mueran. Cualquier rama con nudos debe podarse, por lo menos 3 pulgadas debajo del nudo, durante el invierno y principios de la primavera.
El hongo Eutypa lata causa la muerte del cerezo a fines de la primavera y el verano. Entra al árbol en gotas de agua a través de sitios de corte de poda, causando que las extremidades se marchiten repentinamente y mueran. Las extremidades marchitas deben podarse al menos a un pie de la infección. Con todas las infecciones por hongos, el equipo de poda debe desinfectarse entre cada corte y entre los árboles para evitar que se propague. Los fungicidas pueden ayudar a prevenir infecciones si se usan a principios de primavera.