La especificación del sistema de archivos NTFS permite el cifrado completo de los datos, lo que brinda a los usuarios una protección sólida contra el acceso no autorizado a los datos; solo aquellos que tienen una contraseña pueden descifrar los datos. En las plataformas Windows, FAT32 solo admite la administración de permisos rudimentaria en carpetas compartidas, mientras que NTFS ofrece una administración sofisticada de permisos.
Si bien los archivos individuales se pueden cifrar en cualquier sistema de archivos, NTFS admite el cifrado de todo el sistema. Esto brinda a los usuarios una forma de garantizar que los documentos importantes estén protegidos, por lo que las fallas en el protocolo de encriptación o las vulnerabilidades en el software de encriptación no pueden generar vulnerabilidades.
El soporte para los modelos de permisos con FAT32 varía según el sistema operativo de destino, pero los sistemas operativos de Windows generalmente solo permiten la administración de permisos a nivel de red para carpetas compartidas. En los sistemas multiusuario, los usuarios que buscan proteger su información de otros usuarios tienen que cifrar sus datos.
Además de proporcionar una mejor seguridad contra el acceso no autorizado, NTFS también proporciona una mejor seguridad de integridad de archivos que FAT32. NTFS almacena un registro de transacciones de datos; las entradas se almacenan antes de mover, borrar o copiar información. Si la computadora pierde energía durante esta transacción, el registro puede ayudar a restaurar la información perdida y completar la tarea. Las particiones FAT32, por otro lado, son vulnerables a la corrupción de datos. Esta corrupción es a menudo reparable, pero los datos aún se pueden perder.
