El sistema conocido como el río Nilo fluye a través de los países de Tanzania, Uganda, Ruanda, Burundi, la República Democrática del Congo, Kenia, Etiopía, Eritrea, Sudán del Sur, Sudán y Egipto. Los países a través de los cuales fluye el Nilo Blanco son Sudán, Sudán del Sur, Ruanda, Tanzania, Uganda y la República Democrática del Congo. El Nilo Azul fluye a través de Etiopía y Sudán. La porción principal del Nilo fluye a través de Sudán y Egipto.
El Nilo Blanco es la fuente principal del río Nilo, y comienza en los puntos de reunión de los ríos que fluyen desde la región de los Grandes Lagos de África. La segunda fuente principal del río Nilo es el Nilo azul, que comienza en el lago Tana en Etiopía. Cuando estos ríos se unen, el río resultante se conoce simplemente como el río Nilo. Otras fuentes que se consideran parte del río Nilo incluyen el río Ruvyironza en Burundi y el río Nyabarongo en Ruanda. La porción del río que sale del lago Victoria en Uganda se conoce como el Nilo Victoria. En total, el sistema fluvial que se considera el río Nilo se extiende por un total de 4.258 millas, con la desembocadura del río situado a lo largo de la costa egipcia del mar Mediterráneo. Las principales ciudades por las que fluye son Juba en Sudán del Sur, El Cairo en Egipto, Jartum en Sudán y Jinja en Uganda.