Los principales ríos de Puerto Rico son el río La Plata, el río Grande de Loíza, el río Bayamón y el río Grande de Arecibo. Todos los ríos principales de Puerto Rico fluyen hacia el norte sobre las montañas al océano atlántico.
El río La Plata es el más largo de los ríos, ubicado en la parte norte de la isla. Tiene aproximadamente 60 millas de largo. El Río Grande de Loíza es el más ancho y el segundo más largo de la isla, con una duración de 40 millas. El río Bayamón atraviesa el municipio de Bayamón, que se encuentra en el valle costero norte. El río Grande de Arecibo también fluye a través de la parte norte de la isla, pasando por un desfiladero que tiene 200 metros de profundidad y 800 a 1,200 metros de ancho.
Hay menos ríos en la parte sur de la isla, y generalmente son más cortos y de menor volumen que los del norte. Muchos de los ríos que corren hacia el sur se secan durante la mayor parte del año. Puerto Rico no tiene lagos perennes, naturales y de tamaño considerable, aunque sí tiene 15 embalses que se conocen como lagos. Estos embalses están formados por la represa de los ríos principales.