La principal desventaja de los paquetes integrados es que son menos potentes en comparación con las aplicaciones independientes. Por lo general, tienen menos funciones en comparación con sus contrapartes de paquetes de propósito general.
Dado que todas las aplicaciones dentro del paquete se cargan desde un solo lanzamiento, todas se cargarán simultáneamente en la memoria, incluso si la tarea que se realiza es simple y no requiere mucha potencia de cálculo.
A pesar de sus deficiencias, los paquetes integrados son generalmente más baratos que los programas separados. Todas las aplicaciones en un paquete de software integrado generalmente tienen una interfaz gráfica de usuario similar, lo que hace que el cambio entre una aplicación sea simple y sin problemas.