El principal inconveniente de las unidades flash USB es su limitado ciclo de escritura y borrado. Uno solo puede escribirse y borrarse unas 100.000 veces. Si bien esto puede no afectar en gran medida al usuario promedio, debe ser una consideración importante para los usuarios que tienen la intención de usar la unidad de memoria para ejecutar un sistema operativo o software de aplicación.
Las unidades de almacenamiento en miniatura están diseñadas para ser compactas y portátiles, pero su pequeño tamaño hace que sean más fáciles de extraviar y perder. Para remediar la situación, algunos fabricantes diseñan unidades de memoria flash de manera que se puedan unir a cuerdas de seguridad, collares y llaveros. Las unidades flash son conocidas por la propagación de virus informáticos. Si la unidad USB carece de un mecanismo de protección contra escritura, se infecta instantáneamente cuando se usa una computadora contaminada con virus para acceder a su contenido.
El precio por unidad de almacenamiento de las unidades flash USB es mayor en comparación con el de las unidades de disco duro externas. También son más pequeños en capacidad. Las unidades flash pueden tener hasta 128 GB de almacenamiento, mientras que los discos duros externos pueden tener hasta 2 TB de almacenamiento. La memoria flash es fácilmente susceptible a la electricidad estática e incluso la carga eléctrica más pequeña puede provocar la pérdida de datos y daños irreversibles. La principal calidad de redención de las unidades flash es que son portátiles y convenientes.
