Hay otras desventajas de usar el método de caída colgante. No es un método seguro para usar cuando se trata de organismos extremadamente patógenos, ya que los humanos pueden contraer una infección fácilmente. La configuración del aparato necesario para la técnica de caída colgante lleva tiempo, y los portaobjetos de cavidad utilizados son caros. Los cubreobjetos, que son una parte del aparato, son bastante frágiles y su manejo puede suponer un desafío.
Otro método utilizado para observar organismos pequeños es la técnica de montaje en húmedo. La diferencia entre los dos es que la técnica de montaje húmedo se seca más rápidamente que el método de caída colgante. Dado que el método de la gota colgante no se seca tan rápido, permite un examen más prolongado del microorganismo y una observación más confiable. Un tercer método para evaluar la motilidad del organismo es la prueba de motilidad semisólida.
La técnica de la gota colgante también se utiliza en el proceso de cristalización de proteínas, que es la formación de un cristal de proteínas.
