"Pokémon Amarillo" guarda muchos secretos, incluidos Pokémon especiales, técnicas ocultas y objetos secretos. A diferencia de "Pokémon Red" o "Pokémon Blue", es posible adquirir los tres Pokémon iniciales. Para obtener Squirtle, los jugadores primero deben vencer al Teniente Surge. Luego, deben encontrar a la oficial Jenny en medio de la ciudad; Ella ofrece el poderoso Pokémon de agua.
Charmander se puede encontrar yendo a Cerulean City y derrotando a los cinco entrenadores en el puente hacia el norte. Después de vencer a los entrenadores, los jugadores pueden dirigirse al primer pasillo cuadrado y hablar con el hombre que está allí; Él abandona un Charmander. Bulbasaur también se encuentra en la ciudad de Cerulean. Los jugadores pueden ir a la casa al lado del Centro Pokémon para encontrarse con Melanie, quien se ocupa de los Pokémon lesionados. Si Pikachu está feliz, Melanie ofrece su Bulbasaur al jugador. Si Pikachu no está contento, los jugadores pueden darle a Pikachu cinco pociones seguidas y luego hablar con Melanie nuevamente.
Para encontrar a los legendarios Zapdos, los jugadores deben usar la técnica de surf para ir al agua cerca del túnel de roca. Deben seguir la corriente hasta la planta de energía para ubicar a Zapdos cerca de la salida. Para encontrar la técnica Mimic oculta, un jugador debe primero comprar un Pokédoll en Celadon Mart. Luego, debe ir a Saffron City y hablar con el Copycat, que comparte la rara técnica. En Celadon City, los jugadores pueden visitar el Rincón del juego para encontrar algunas monedas secretas. Pueden alrededor y presionar "A" repetidamente para encontrar estas monedas en el piso.
