Charles Krauthammer nació en Nueva York en 1950 y se mudó con sus padres al Canadá de habla francesa cuando era niño. Estaba casado con el pintor y escultor Robyn Krauthammer y tiene un hijo llamado Daniel que fue nació en 1986. Tanto Charles como Robyn Krauthammer fueron promotores de la música y la cultura judías y son cofundadores de "Pro Musica Hebraica", una organización cultural con sede en Washington. Ambos siempre han tenido interés en la cultura y las tradiciones judías. El Dr. Krauthammer falleció el 21 de junio de 2018 a causa de un cáncer del intestino delgado.
Charles Krauthammer creció en una familia judía ortodoxa estricta. Su padre era de ascendencia francesa y su madre nació en Bélgica. Decidieron mudarse de Nueva York a Montreal cuando Charles era joven. Mantuvo una vida muy privada y rara vez compartió detalles sobre su familia con el público, con la excepción de algunas referencias a su hijo Daniel en su libro "Las cosas que importan". Se casó con Robyn Krauthammer en 1974 y ambos hablaban hebreo con fluidez. Juntos, dirigieron una organización cultural que organiza conciertos que promocionan la música judía. Los dos se conocieron mientras asistían a la Universidad de Oxford en Inglaterra. En ese momento, Robyn era un estudiante judío-australiano que también trabajaba como asistente legal en la oficina del presidente del tribunal.