Las características físicas más distintivas de Medio Oriente son sus vastos desiertos, pero la región también es hogar de cordilleras, mesetas altas e incluso algunos valles fértiles. La región es el hogar de el punto más bajo de la Tierra, el Mar Muerto, que se encuentra a más de 1,400 pies bajo el nivel del mar. Las cadenas montañosas en la parte oriental de la región ascienden hacia los picos altos del Himalaya, con picos de más de 15,000 pies de altura.
Con gran parte de la región dominada por llanuras desérticas cálidas y secas, los ríos del Medio Oriente son fuentes importantes de agua para las civilizaciones. El río Nilo sirvió como el elemento vital de los antiguos egipcios, y su ciclo regular de inundaciones y retroceso condujo al desarrollo de enormes proyectos de construcción civil, como las pirámides. El Tigris y el Éufrates alimentaron la civilización mesopotámica y siguen siendo ríos importantes para la gente de la actual Irak.
Las mesetas altas y las cadenas montañosas también son características importantes de la región. La creciente tierra del Levante, en la frontera oriental del Mediterráneo, ayudó a exprimir el agua de la brisa marina húmeda para producir una tierra verde y fértil adecuada para el asentamiento. Las montañas de Tauro en Turquía separan la región de Asia, aislando las civilizaciones que surgieron en esta área.