La ventaja más importante del software personalizado es que está hecho a medida para satisfacer las necesidades específicas de los usuarios. Una empresa no necesita ajustar sus procesos para aprovechar al máximo el software. El software personalizado es más escalable que los paquetes de software ya hechos. También ahorra dinero en costos de adquisición de hardware.
El software personalizado está especialmente diseñado para satisfacer las necesidades de un negocio determinado. Este tipo de software puede ayudar a proteger una empresa de amenazas externas. El software comercial que se usa comúnmente es vulnerable a la piratería. El software personalizado, por otro lado, puede ser un objetivo poco probable para los hackers, ya que puede requerir mucho más esfuerzo para comprender cómo violar el sistema. Es más probable que el software personalizado sea compatible con los sistemas existentes. Es más improbable que múltiples paquetes de software ya preparados se sintonicen perfectamente y sin fallas. Los usuarios pueden mantener las aplicaciones personalizadas siempre que necesiten estar en uso. Por otro lado, con paquetes de software ya hechos, una empresa está a merced de los desarrolladores o proveedores de software. En el caso de que los desarrolladores de software cierren el negocio o decidan no mantener el producto, el usuario se ve obligado a cambiar al software.
