Las raíces de las plantas son estructuras desarrolladas para extraer nutrientes y humedad del suelo, mientras que los tubérculos sirven como recipientes de almacenamiento y como un medio para propagar nuevas plantas. Las plantas forman tubérculos en sus raíces y en sus dos tallos. Los tubérculos de tallo contienen células madre que permiten que las plantas se reproduzcan formando nuevos tallos y hojas. Los tubérculos de la raíz no son tubérculos verdaderos, ya que no tienen células madre ni hojas cortadas.
La papa común es un tubérculo de tallo. Cuando las papas se siembran a partir de semillas, las ramificaciones crecen desde el tallo cerca del suelo, a menudo lo suficientemente cerca como para que el suelo finalmente las cubra. En la naturaleza, estos tubérculos permanecen latentes durante el clima más frío, luego los brotes se forman a medida que el suelo se calienta, propagando la planta para formar nuevas plantas genéticamente idénticas. La base del tubérculo forma el sistema radicular, mientras que la parte superior forma los nuevos tallos y hojas.
Las patatas dulces son tubérculos de raíz. Se forman sobre rizomas o raíces horizontales de la planta. Los tubérculos de la raíz consisten solamente de células de la raíz. Para propagar los tubérculos de la raíz, cada planta requiere una porción de la tapa de la raíz que forma nuevas células madre.
Las zanahorias, las remolachas y los nabos son verdaderos cultivos de raíces y no tubérculos. Si bien estas raíces de raíz modificadas almacenan energía, no propagan nuevas plantas.
