El objetivo de Clue Jr. es averiguar qué niño se esconde en qué habitación con qué mascota. Para resolver el misterio, un jugador debe visitar todas las habitaciones, abrir las puertas para encontrar pistas ocultas y tachar a los niños, mascotas y habitaciones que encuentre allí desde su bloc de notas de detective. Cada vez que se elimina un elemento de la lista, se elimina un niño, una habitación o una mascota.
Un jugador gira el número en su turno y mueve su pieza el número adecuado de espacios en cualquier dirección. Cuando aterriza en una alfombra fuera de cualquiera de las habitaciones, puede abrir la puerta. Cualquier artículo visto allí debe ser tachado de su bloc de notas de detective. Ella permanece allí hasta su próximo turno, cuando puede girar y moverse nuevamente. Cuando aterriza en una escalera secreta del pasaje, se mueve a través del pasaje y sale del espacio al otro lado de la tabla.
Los jugadores continúan girando hasta que un jugador solo tenga un niño, una habitación y una mascota en su bloc de notas de detective. El jugador debe informar a los otros jugadores la mascota, el niño y la habitación que permanecen en su bloc de notas. Si estos coinciden con las cartas en la puerta reveladora azul clara, ella gana. Si no coinciden, ella está fuera del juego y el juego continúa hasta que otro jugador adivine correctamente.
