Si bien la piedra caliza en sí no afecta el medio ambiente, la extracción de piedra caliza puede tener un impacto negativo. Por otra parte, el medio ambiente puede afectar la piedra caliza al descomponerla.
La minería de piedra caliza puede contaminar el agua y crear sumideros. Cuando la piedra caliza se disuelve mientras todavía está en el suelo, se forman cuevas y barrancos, un fenómeno natural conocido como karst. Aunque esto no daña el medio ambiente en su forma natural, una vez que la piedra caliza se extrae, los sumideros pueden formarse e interrumpir los cursos de agua subterráneos. Esto cambia la tabla de agua natural. El proceso real de minería también cambia los cursos de agua existentes, agregando agua adicional a los arroyos y otras masas de agua que no solo inundan el área circundante, sino que también le agregan contaminantes. Al mismo tiempo, extrae agua de otras características como lagos y estanques.
La piedra caliza puede ser dañada por el medio ambiente a través del clima y la erosión del agua. La piedra absorbe el agua que puede deteriorarla con el tiempo. Si el agua tiene un alto contenido de acidez, el daño es más inmediato. El viento puede desgastar los detalles de piedra. La piedra caliza también es propensa a la decoloración por exposición al aceite, tintes o incluso material orgánico, como los excrementos de aves o la descomposición de la materia vegetal. Incluso puede obtener manchas de óxido si se expone al hierro oxidante.
