Bobby Jones tenía una esposa, Mary Rice Jones, y tres hijos, Robert Jones III, Mary Ellen y Clara. El hijo de Bobby Jones, Robert III, murió de un ataque cardíaco fatal solo dos años después de que Bobby Jones murió de la siringomielia en la columna vertebral.
Jones también tiene un nieto llamado Robert Tire Jones IV. Robert Jones IV tiene hijos, pero su hijo mayor murió repentinamente. Robert Jones IV tiene una maestría en divinidad y un doctorado en psicología. Practica psicología cerca de Atlanta.
Jones era un devoto bautista y enseñaba en la escuela dominical, pero su esposa era un devoto católico. La pareja crió a sus hijos en la fe católica, pero Robert III se casó con un metodista, según la Revista Faith. Bobby Jones se casó con Mary Rice en 1924. Robert Jones III jugó golf y ganó el Campeonato de la Ciudad de Atlanta.
