El agua y los desechos del inodoro van a un sistema séptico local o al sistema de alcantarillado una vez que se tiran. Los sistemas sépticos locales descomponen los desechos sólidos y, por lo general, drenan al suelo en un patio, mientras que los sistemas de alcantarillado llevan los desechos a una planta de tratamiento de agua.
Los hogares y negocios que no tienen un sistema séptico local envían los desechos de material del inodoro a las alcantarillas locales. A partir de ahí, las aguas residuales fluyen hacia las plantas de tratamiento. Las aguas residuales por lo general pasan primero a través de un cabezal donde se filtran grandes objetos sólidos. El desperdicio de material se convierte en lodo y se descompone por los microbios en un momento posterior del tratamiento.