Después de tirar un inodoro, el agua baja por las tuberías de alcantarillado a la planta de tratamiento de aguas residuales. En lugares donde la casa está lejos del sistema de alcantarillado, las aguas residuales entran en grandes tanques sépticos. Estos tanques se limpian y se vacían regularmente para mantener la casa segura.
Debido a que el agua del inodoro usada no es segura, es importante el drenaje adecuado de los desechos para protegerse y mantener seguras las fuentes de agua limpia. Cuando el agua del inodoro llega a la planta de aguas residuales, se filtra, se limpia y se trata para eliminar el contenido insalubre. El agua solo se libera al medio ambiente cuando está limpia. El agua filtrada se puede utilizar en la reparación de carreteras y en los trabajos de construcción, y los lodos tratados se utilizan como estiércol.