Debido a que es un Pokémon de tipo roca /volador, Aerodactyl tiene debilidades naturales a los ataques de roca, acero, agua, hielo y electricidad. Estos elementos causan el doble del daño normal que causan a un Pokémon que resistencia cero y cero debilidad para ellos.
Aerodactyl tiene una alta defensa natural porque es un tipo de roca. Además, ser un tipo volador le da inmunidad total a los ataques por tierra. Esta combinación lo convierte en uno de los pocos tipos de vuelo con muy buena defensa general y una buena cantidad de resistencias, pero la mayoría de los tipos, como el hada, la oscuridad y el psíquico, que hacen daño completo son tan numerosos y hacen que el Aerodactyl sea susceptible al estado dolencias.
