"Holes" sigue la historia de Stanley Yelnats, un joven enviado a Camp Green Lake por robar un par de zapatos. Sostiene que es inocente y culpa a su mala suerte de una maldición familiar. Camp Green Lake, un campamento de reforma para niños, requiere que los reclusos caven hoyos en un lecho seco del lago todos los días para crear carácter. Stanley pronto descubre que el director del campamento está buscando un tesoro familiar perdido.
"Agujeros" tiene varios arcos de trama. La historia principal es la de Stanley Yelnats y su tiempo en Camp Green Lake. El libro también cuenta la historia de cómo el tatarabuelo de Stanley trajo una maldición sobre la familia Yelnats al romper una promesa a un gitano de una pierna llamado Madame Zeroni. A cambio de un cerdo, Elya, tatarabuelo de Stanley, promete ayudar a Madame Zeroni a cumplir su deseo de morir. Elya usa el cerdo para proponerle a la chica que ama, pero descubre que ella no es lo que él pensó originalmente. Desencantado, se va a América sin cumplir su promesa a Madame Zeroni.
El tercer arco de la trama del libro cuenta la historia de Camp Green Lake. Katherine Barlow, la maestra de la escuela de la ciudad, se encuentra desarrollando sentimientos por Sam, un vendedor de cebolla, después de que arregla las cosas en la escuela. Comparten un beso, pero surgen problemas porque Sam es negro y Kate es blanca. Uno de los pretendientes rechazados de Katherine remueve la ciudad, convenciéndolos de que maten a Sam. Cuando Sam y Kate intentan escapar a través de Green Lake, son atrapados y Sam es asesinado. Enloquecida por el dolor, Katherine recurre a una vida de crimen como el proscrito Kissin 'Kate Barlow.
