El principal conflicto en "Number the Stars" es que los nazis ocupan Dinamarca para capturar y enviar a los judíos a los campos de concentración. Específicamente, surge un conflicto para los personajes principales cuando la familia Yohansen arriesga sus vidas. Tomando a una joven judía, Ellen Rosen, para protegerla de los nazis.
Hay dos puntos climáticos en la novela que resaltan el conflicto principal en "Number the Stars". El primer evento ocurre cuando los soldados registran la casa de Yohansen en busca de Ellen y su familia. Después de que los soldados nazis desconfían de Ellen, el Sr. Yohansen finge que es su hija, salvándole la vida.
En la segunda escena climática, los soldados nazis paran a Annemarie, la hija de Yohansen, en su camino para entregar un paquete a un hombre que está ayudando a los judíos a escapar a Suecia. Después de evitar que los soldados descubran el contenido del paquete, Annemarie evita por poco la detención.
Además de estos eventos, los conflictos secundarios surgen de la ocupación nazi y los efectos de largo alcance de la Segunda Guerra Mundial. Por ejemplo, varios personajes pierden sus trabajos, hogares e incluso sus familias cuando intentan escapar de ser capturados y enviados a campos de internamiento, o mientras ayudan a los judíos a escapar de Dinamarca. A nivel personal, Ellen lucha con el conflicto de tener que ser valiente al enfrentar la amenaza de no volver a ver a su familia.
