El agua del pozo amarillo puede ser causada por los depósitos de hierro que se disuelven y entran en el sistema del pozo por lluvia o nieve derretida. El agua de pozo amarillo también se conoce como hierro de agua roja y también puede contener manganeso. Las bacterias en las tuberías de agua también pueden mezclarse con el hierro y causar manchas amarillas de agua.
El hierro orgánico es de color amarillo o rojo, y este mineral común a veces se filtra en los pozos que proporcionan agua a los hogares. Para determinar si el hierro es, de hecho, la causa del tinte amarillo en el suministro de agua requiere pruebas. Un laboratorio puede analizar el nivel de hierro en el agua y también detectar la presencia de bacterias del hierro. En general, el agua amarilla de los depósitos de hierro contiene pequeñas concentraciones de hierro. Los bajos niveles de hierro del agua teñida de amarillo no se consideran un peligro para la salud. Aun así, no se recomienda consumir grandes cantidades de agua amarilla.
Las bacterias del hierro también se consideran inofensivas para los humanos. Sin embargo, el hierro y las bacterias del hierro tienden a hacer que el agua tenga un sabor metálico, por lo que es desagradable beberla. Además, el agua amarilla distorsiona el sabor del café, el té y los alimentos. La eliminación del hierro de agua roja del agua de pozo generalmente requiere un tratamiento de agua con un filtro de carbón o sedimento, que elimina pequeñas cantidades. Un sistema de filtración de hierro que usa aireación u oxidación química es otra opción.