El agua del pozo se puede ensuciar cuando no se realiza el mantenimiento del sistema, lo que puede deteriorar. Es posible que los pozos tengan que limpiarse y, como algunas personas nunca hacen esto, el agua puede ensuciarse.
Esto puede suceder en unos pocos años si el pozo no se limpia adecuadamente. Demasiado hierro, manganeso y gas de sulfuro de hidrógeno pueden contaminar el agua del pozo. Las personas que tienen este problema pueden notar un olor desagradable proveniente de su sistema de agua. Esto puede convertirse en un problema importante, llenando una casa con un olor similar al de la alcantarilla o al sulfuro.
Los pozos también pueden contaminarse con bacterias, como coliformes y otros tipos de bacterias. Se puede usar un recuento de placas heterótrofas para averiguar cuánta bacteria hay en el agua. Si bien esta prueba no puede ser muy específica, proporciona una buena suma del estado del pozo.
Cuando las bacterias se convierten en un problema, los pozos deben limpiarse y descontaminarse. Si esto no se hace, el pozo se convierte en un caldo de cultivo para las bacterias. Las bacterias pueden entrar en la ropa que se lava, así como en los platos, electrodomésticos y en el cuerpo de las personas cuando intentan bañarse. Esto no solo está sucio, es poco saludable, ya que estas bacterias pueden causar enfermedades.