Hay muchos códigos de GameShark para Metroid Fusion en Game Boy Advance, según BS Free. Para ingresar estos códigos, el cartucho del juego debe insertarse en el dispositivo GameShark y luego insertarse en el Game Boy Advance. Primero, ingrese el código de habilitación: "00000F6D 000A" y "100008B4 0007." Al ingresar estos códigos, se pueden activar todos los demás trucos.
Para activar el código de invulnerabilidad, ingrese "33001249 0001." Esto hace que Samus evite daños durante el juego. Detenga el temporizador de eventos ingresando "830008D8 00DA". Los disparos más rápidos se habilitan al ingresar "3300124E 0000". Este código le permite a Samus hacer disparos rápidos sin pausas entre disparos.
El código "83001252 A001" permite un funcionamiento rápido, permitiendo que Samus funcione a la máxima velocidad sin fatiga. Para habilitar el salto lunar, ingrese "74000130 03FE" y "83001260 0040". El salto de la luna le da a Samus un aumento drástico de la altura del salto. Para misiles infinitos, ingrese "83001314 03E7". Para tener misiles máximos, pero no ilimitados, ingrese "83001316 03E7". El código "33001318 0063" arma a Samus con un número infinito de súper bombas.
Si un jugador está buscando una forma de juego extra desafiante, puede desactivar todos los misiles y bombas con el código "3300131B 0000". Desbloquea todas las armas, trajes y habilidades especiales antes de obtenerlas mediante el juego normal ingresando "4300131A FFFF" y "00000003 0002". Ingresa "820382E4 0000" para suspender el temporizador del juego y configurarlo en 00:00.