Solo en Pokémon Black, es posible atrapar Weedle, Kakuna, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plusle, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornibuzz, Tornibuzz, Mandibuzz, Tornebuzz, Reshiram. Solo en Pokémon White, es posible capturar Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solosis, Solosion, Dosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus, y Zekrom. También hay ciertos cambios estéticos y batallas específicas que son diferentes.
El Pokémon legendario que se une al jugador para luchar contra el misterioso personaje "N" depende del juego que tenga el jugador. Cuando juegas Pokémon Blanco, el jugador recibe el Pokémon negro de tipo Eléctrico y Dragón llamado Zekrom. Al jugar Pokémon Negro, el jugador recibe el Pokémon Reshiram blanco de tipo Fuego y Dragón.
El Pokémon legendario de The Weather Trio con el que se encuentra un jugador también depende de la versión del juego que juegue. Los jugadores con Pokémon Black se encuentran con Thundurus, mientras que los jugadores con Pokémon White se encuentran con Tornadus. Ambos Pokémon son necesarios para obtener acceso a Landorus, por lo que un jugador necesita intercambiar versiones de juego para obtenerlos.
Además del hecho de que cada versión tiene ciertos Pokémon exclusivos, hay diferencias estéticas entre Opelucid City y Mistralton City. Drayden es el líder de gimnasio de Opelucid en Pokémon Black pero en Pokémon White es Iris.
Serebii explica que en Pokémon Black, hay un área industrial llamada Black City; pero en Pokémon White, es reemplazado por un área llamada White Forest. En Pokémon Black, las ciudades parecen más avanzadas y futuristas. Los edificios tienen luces de neón, puertas automáticas e invernaderos. En Pokémon White, las ciudades son más rurales y tradicionales. Los edificios tienen caminos de piedra de musgo, graneros y jardines.
Según Bulbapedia, en ambos juegos hay un personaje llamado Charles, el rompecorazones. En Pokémon Black, desafía al jugador a una batalla de rotación; y, en Pokémon White, desafía al jugador a una triple batalla.
