Aunque hubo una ocupación japonesa de la República de Filipinas entre 1942 y 1945 que fue resentida por los filipinos, desde el final de la Segunda Guerra Mundial, Japón ha sido un socio comercial vital que ha ayudado a impulsar la economía filipina . Japón también brindó apoyo en 1980 al nuevo gobierno de Filipinas. Recientemente, Japón también ha proporcionado ayuda muy necesaria a Filipinas para la reconstrucción después del tifón Haiyan.
Los japoneses invadieron Filipinas el 8 de diciembre de 1941 como un movimiento estratégico contra Estados Unidos. Esta invasión comenzó menos de un día después del ataque japonés a Pearl Harbor y, finalmente, los japoneses establecieron una fuerte presencia militar en Filipinas. Mientras que los japoneses prometieron la independencia de las islas después de la guerra, la mayoría de los ciudadanos filipinos se resintieron por la ocupación y muchos lucharon activamente contra los japoneses. Finalmente, los japoneses se rindieron y perdieron el control de Filipinas en 1945.
Desde el final de la guerra y la ocupación japonesa, las relaciones entre Filipinas y Japón se han fortalecido. Los japoneses han servido como un socio comercial esencial para ayudar a reconstruir y estimular la economía filipina, y los japoneses ayudaron a reconstruir el gobierno filipino en los años ochenta. Japón continúa proporcionando ayuda humanitaria y económica a Filipinas, especialmente durante el período de restauración después del tifón Haiyan.