Las alternativas a los sistemas sépticos domésticos tradicionales incluyen los filtros de recirculación de arena, los inodoros de compostaje, los sistemas sépticos de evaporación-transpiración y los sistemas aeróbicos. Si estos u otros métodos alternativos cuestan menos que los sistemas tradicionales dependen de numerosos factores, como el tamaño de la casa, las regulaciones locales y las tarifas que cobran los contratistas locales.
Los métodos alternativos de tratamiento de residuos pueden ser similares a los sistemas sépticos tradicionales, como los sistemas de aguas grises, o los métodos que destruyen los residuos, como la incineración de inodoros. Los métodos adicionales incluyen sistemas de lagunas y lechos elevados.
Los sistemas sépticos aeróbicos tratan las aguas residuales con productos químicos desinfectantes, permitiendo la descarga de agua en el agua subterránea sin el uso de un tanque séptico.
Las regulaciones en algunas áreas prohíben ciertos tipos de sistemas sépticos, a menudo debido a los niveles del nivel freático u otros criterios de uso del suelo.