Uniqlo se fundó en Hiroshima, Japón, en 1984. Comenzó como una tienda de ropa informal, y su nombre significa "Almacén de ropa único". Uniqlo se fundó como parte de la empresa Fast Retailing y se convirtió en una filial de completa propiedad de Fast Retailing antes de su expansión internacional.
La empresa matriz de Uniqlo, Fast Retailing, se llamaba Ogori Shoji hasta 1991. Ogori Shoji fue fundada en 1949 en Yamaguchi, Japón. Antes del establecimiento de Uniqlo, Ogori Shoji vendía ropa para hombres a través de la cadena de tiendas Men's Shop OS. Uniqlo fue la primera tienda de ropa unisex de la compañía.
La tienda fue fundada para proporcionar ropa adecuada para todos los estilos. Los diseños de Uniqlo estaban diseñados para ser simples, de modo que los clientes pudieran adaptarlos a los armarios y estilos existentes. Los productos Uniqlo estaban destinados a ser independientes de las tendencias de moda y las diferencias de estilo entre grupos de edad, géneros y regiones.
Uniqlo se expandió por primera vez fuera de Japón en 2002. Las tiendas internacionales originales se encontraban en China y el Reino Unido. La compañía se expandió a los Estados Unidos, Hong Kong y Corea del Sur en 2005, y a Malasia en 2010. También se abrieron ubicaciones de Uniqlo en Australia, Bangladesh, Francia, Macao e Indonesia, así como en Filipinas, Rusia, Singapur, Taiwán y Tailandia.