No es posible viajar al espacio exterior en Pokémon Esmeralda. Los jugadores visitan el Centro Espacial Mossdeep en el transcurso del juego, pero en realidad no pueden abordar un cohete para ir al espacio.
El rumor de que es posible ir al espacio probablemente comenzó con el Pokémon Deoxys, que se dice que proviene del espacio. Deoxys se obtiene en Birth Island en este juego, sin embargo. Los lanzamientos de prueba se realizan periódicamente en la estación, y un científico allí hace un recuento actual de las pruebas exitosas, pero el jugador no puede participar en ellas de ninguna manera. El número que el científico da en realidad corresponde al número de semanas que han pasado desde que comenzó el juego actual.
En el transcurso del juego, el Equipo Magma se hace cargo del Centro Espacial y el jugador tiene que recuperarlo. Este evento ocurre poco después de que el jugador gane la Insignia Mental del gimnasio Mossdeep. Una vez que el Equipo Magma ha tomado el control de la instalación, el jugador debe eliminar todos los Gruñones del Equipo Magma desde el primer piso. Una vez hecho esto, los jugadores pueden avanzar al segundo piso donde se encuentran con Steven Stone. Stone se une al jugador para una doble batalla contra Maxie y Tabatha.
