Algunas de las diferencias entre "Ms. Pacman" y "Pacman" incluyen la adición de un par extra de túneles warp en tres de los cuatro laberintos del juego. Además, los laberintos en sí mismos son diferentes de los juegos originales "Pacman".
En los juegos de "Ms. Pacman", los patrones de comportamiento de los fantasmas son diferentes a los de "Pacman", y también incluyen un elemento aleatorio en los movimientos de los fantasmas. Esto evita que los jugadores memoricen los patrones en los que se mueven los fantasmas, lo que hace que el juego sea un poco más difícil que "Pacman".
Las frutas en el juego también se comportan de manera diferente. En lugar de desovar en el centro del mapa, los frutos de "Ms. Pacman" rebotan a lo largo del laberinto de una manera aleatoria, entrando y saliendo de los túneles warp en cada laberinto. Además, una vez que se han encontrado todas las frutas, se generan de forma aleatoria. Esto comienza en la octava ronda.
También se hicieron cambios a la animación de la muerte de la Sra. Pacman. En lugar de acurrucarse sobre sí misma y desaparecer como Pacman, la Sra. Pacman simplemente gira cada vez que toca a un fantasma. Los efectos de sonido de su muerte también se cambian, al igual que muchos de los otros sonidos del juego.
"Ms. Pacman" tiene un error en sus subrutinas que hace que el juego no se pueda jugar después de la ronda 256. Sin embargo, muchos otros errores aparecen mucho antes durante el juego, por lo que es poco probable que un jugador llegue a la ronda 256 sin el uso de la emulación.
