El Instituto del Tiempo en Pokémon Emerald está ubicado en la Ruta 119. Sirviendo como oficina para la región de Hoenn, monitorea las condiciones climáticas en toda la región.
Cuando el jugador llega al instituto por primera vez, el jugador encontrará que ha sido invadido por el Equipo Aqua o el Equipo Magma para buscar información sobre el legendario Pokémon Kyogre (Equipo Aqua) o Groudon (Equipo Magma) y Los raros Pokémon Castform. Después de que el jugador haya vencido al equipo que ha invadido el instituto, un meteorólogo lo premiará con Castform.
El proyecto principal en el Instituto del Tiempo es una máquina del tiempo que permite al instituto controlar el clima en áreas de la región de Hoenn. El primer piso tiene una PC y una cama donde el jugador puede descansar. El segundo piso es donde se ubican las estaciones de trabajo del instituto, y también es el área donde el equipo invasor redondea al personal.
