Para obtener al personaje Mewtwo en el videojuego "Pokémon Crystal", el jugador debe cambiarlo por el uso de la Time Capsule u obtenerlo a través de un evento. No puede ser capturado como otros personajes el juego.
La Time Capsule le permite a un jugador que usa "Pokémon Crystal" intercambiar personajes con otros usando un juego de Pokémon de primera generación, o con su propia copia de dicho juego. Los juegos de primera generación son "Pokémon Blue", "Pokémon Red" y "Pokémon Yellow". Además, en Japón, "Pokémon Green" es parte de la primera generación. El archivo guardado en el juego de primera generación debe tener a Mewtwo para poder cambiarlo a "Pokémon Crystal".
Nintendo, el editor del juego, también regala personajes a los jugadores en eventos oficiales. Esta es la única otra forma oficial de obtener Mewtwo en el juego "Pokémon Crystal".
