El programador sueco Markus Persson creó originalmente "Minecraft" como un proyecto de fin de semana en mayo de 2009 utilizando herramientas de codificación simples. Construyó sobre esta base durante un ciclo de desarrollo de 30 meses. Persson contrató a otros programadores y creó el estudio de juegos Mojang para ayudar en el proceso de creación después de que el boca a boca fue abrumadoramente positivo, lo que hizo que las versiones de desarrollo del juego fueran un gran éxito.
Persson, quien también es conocido por su nombre de Internet Notch, se inspiró para crear "Minecraft" después de experimentar la emergente y profunda jugabilidad de un programa llamado "Fortaleza Enana". Al darse cuenta de que "Dwarf Fortress" presentaba gráficos de personajes ASCII primitivos, Persson decidió crear un juego de mundo abierto similar, más visualmente interesante, que girara en torno a una elección de jugador aparentemente ilimitada. Este género de juego se ha dado a conocer como un juego de caja de arena debido a la forma en que los jugadores caen virtualmente en un pequeño mundo para construir lo que puedan imaginar.
Persson subió las primeras versiones de "Minecraft" a los foros de diseño de juegos gratuitos. En el transcurso de algunos meses, continuó agregando funciones al programa y comenzó a cobrar una tarifa nominal para descargar lo que llamó una versión alfa del título. A medida que se hizo más y más popular, Persson contrató a programadores y personal para continuar el desarrollo de "Minecraft".
Persson y Mojang continuaron con el desarrollo de "Minecraft" durante los próximos dos años en una etapa beta extendida durante la cual el título vendió 4 millones de copias. En el invierno de 2011, Mojang anunció que "Minecraft" estaba completo y fuera de la versión beta, pero el estudio ha seguido agregando funciones e iteraciones de los modos de juego existentes incluso después de lanzar una versión final. Las versiones de "Minecraft" también se han portado a consolas, tabletas y teléfonos inteligentes, ampliando la base de jugadores del juego.