Si bien los pen drives pueden ser una forma fácil de transferir archivos entre computadoras, también pueden ser un vector para infecciones de malware. Cualquier computadora con la reproducción automática activada puede ejecutar automáticamente los archivos infectados en un pen drive. , desencadenando una infección. Los pen drives también tienen una vida útil relativamente corta en comparación con otras formas de medios, ya que cada celda de la memoria flash solo puede aceptar un número determinado de reescrituras.
Los pen drives también pueden estar limitados por hardware de PC. La velocidad a la que se pueden leer o escribir los archivos depende de la versión de USB instalada en cualquier PC. El USB 2.0 puede transferir alrededor de 60 megabytes por segundo, lo que puede hacer que transferir archivos grandes sea una tarea tediosa. Por otro lado, USB 3.0 puede alcanzar velocidades de hasta 640 megabytes por segundo. Sin embargo, muy pocas unidades de disco duro pueden alcanzar este límite de velocidad máxima, lo que obliga a los usuarios a prestar mucha atención a las especificaciones para obtener la unidad de disco más rápida posible.
Las unidades de lápiz también son propensas a fallas de hardware. El interior de un pendrive suele ser simplemente una placa de circuito soldada al conector USB, y como estos dispositivos sobresalen del costado o de la parte frontal de una computadora, tienden a ser golpeados o golpeados muy fácilmente. El punto de unión es el punto más débil y el punto de falla, lo que facilita la interrupción de la conexión USB y la inutilidad de la unidad.
