El progreso de un jugador se guarda automáticamente al final de cada capítulo o nivel de "Indiana Jones" para la Wii. Los jugadores no pueden guardar el juego manualmente.
Durante un guardado automático, se muestra un icono de sombrero en la esquina inferior derecha de la pantalla. El sombrero desaparece una vez que se completa el guardado. El juego se almacena en bloques libres, o espacio de almacenamiento, en la Wii o en su tarjeta de memoria. Cualquier progreso realizado antes de llegar al final de un capítulo o nivel se pierde si no se completa el nivel.
Los jugadores pueden cargar el juego guardado seleccionando la opción para cargar desde el menú principal.
